Värska Gümnaasiumi vana hoone“Verska Püha Juri Apostliku koguduse ajaloos” on kirjas, et preester Nikita Jakovlev (tööaeg Värskas 1774 – 1805) õpetas välja köstreid. Ametlik kooliharidus Värskas algas 1894. a. semstvo algkoolist Slobotka külas. Esimeseks õpetajaks oli 1894-1896 Peeter Suia, seejärel Sipman.

Õppetöö toimus vene keeles, koolis käidi 4 aastat.

Ajavahemikul 1894-1912 vahetus koolis 12 õpetajat.

1921.a. jäi õpetajate ja ruumide puudumise tõttu vastu võtmata 43 õpilast. 1922.a viidi osa klasse Värska vallamaja ruumidesse ja 1924.a valmis uus maja, milles alustas tööd 1954.a ka Värska Keskkool. Hoone lammutati 1994.a. 1925/26. õppeaastal kujunes kool 6-klassiliseks, õpilaste arv 137. I-II klassis oli õpilaste arv kuni 40, V-VI klassis vähenes see alla 10. Paljud langesid välja vanusega ja majanduslikel põhjustel. Suurim õpilaste arv oli 1933/34, kui nimekirjas seisis 233 õpilast. Koolis tegeldi klassivälise tööga: osaleti loodusringis, õpilasringis ja noorteühingus, maatulundusklubi juures tegutsevas kodukäsitööringis). Koolis oli oma kooperatiiv nimega “Tulu” (loodi 1929.a.).

Värska GümnaasiumVärska Algkooli perioodil töötasid koolis õpetajatena: Hanson, Keerberg, Varik, Dreifeldt, Pedmanson. Hiljem tulid tööle K.Õnnik, H.Taar, L.Käis, L.Mardla, N.Laiuste jt.

1944/45. õppeaastal alustab kool tööd Värska Mittetäieliku Keskkoolina (seitsmeklassilise koolina).

1954. a. sügisel saab alguse Värska Keskkool. 1959. aastal algab keskastme üleminek 8-kl.haridusele.

1957. – 1958. a. sai uue näo vana koolimaja, rajati suur ja perspektiivne kooliaed.

1964. – 1966. a. valmis õpetajate elamu ja kooli juurdeehitus. Oma jõududega ehitati valmis staadion.

1984. – 1986. a. ehitati uus koolimaja.

1989. a. muutus keskkool 12-klassiliseks.

1998. a. nimetati kool Värska Gümnaasiumiks

Kooli juhtimise ajalugu

Koolijuhid

1924-1944 J. (Hanson) Haring
1944-1950 Niina Rumjantseva
1950-1951 Paul Lehestik
1951-1953 Anna Volkova
1953-1955 Helju Israel
1955-1959 Ilmar Altvälja
1959-1975 Jefim Ojaots
1975-1997 Konstantin Ojaveer
1997-1999 Hella Koort
1999-2011 Anna Stepanenkova
2011 Eve Kapten (direktori kt)
2011-2018 Rein Zaitsev
2018 Kristel Koddala (direktori kt)
aug 2018- Liina Palu

Õppealajuhatajad

1948-1950 Paul Lehestik
1950-1953 Helju Israel
1954-1981 Veera Hirsik
1982-1997 Anna Stepanenkova
1997-2007 Ilme Hoidmets
2007-2009 Ingrit Kala
2009-2012 Eve Kapten
2012-2015 Ingrit Kala
2015-2016 Merike Mändmets
2016 – 2019 veebr Kristel Koddala

Klassivälise töö organisaatorid ja huvijuhid

1967-1973 Konstantin Ojaveer
1973-1979 Ene Soodla
1979-1980 Kristiina Laanetu
1980-1981 Siim Prank
1981-1989 Indrek Raudsepp
1989-1991 Ilme Raiv
1991-1992 Irma Samoldina
1992-1997 Maria Kojus
1997-1998 Tiina Kadarpik, Raul Kudre
1998-2007 Ingrit Kala
2009-2011 Viivika Kooser
2011 Karin Viljus
2011-2012 Merje Laurson
2012-2014 Piret Torm-Kriis
2014 Sirli Arm
2015 Kai Laanemaa
2015-2016 Marija Samorukova
2016- Triinu Kotov